V praxi sa občas stáva aj to, že rodič z nejakého dôvodu nesúhlasí s podporou alebo/aj s IVP. IVP síce vyžaduje informovaný súhlas rodiča, ale PO nevyžaduje (vyžaduje iba pri samotnej diagnostike v CPP/ŠCPP ale nie ich aplikáciu, keď rodič škole poskytne správu/vyjadrenie). Podpora dieťaťa je vyjadrením jeho najlepšieho záujmu a má byť pre všetkých na prvom mieste.
Často sa stretávame, že rodič je aktívny, dostatočne uvedomelý a nesúhlasí preto, že niektoré konkrétne veci sa mu nepáčia alebo má obavu, že môže byť týmto procesom jeho dieťaťu poškodené. Takéto obavy a nespokojnosť rodiča by nikdy nemali ostať nevypočuté a prehliadané. Rodič má nielen právo, ale aj škola povinnosť spolupráce, informovania a vzájomného prepájania. Rodič nie je podriadený zamestnanec riaditeľa školy ani učiteľa. Je partner. Nemusí mať dostatok poznatkov a vedomostí a potrebuje s úctou a rešpektom počuť a porozumieť. Školský podporný tím s triednym učiteľom má citlivo a starostlivo vysvetľovať zmysel a význam PO a IVP. Nesúhlas rodiča nie je nutné vnímať hneď ako útok a odmietnutie, ale aj ako nedostatok istoty a dôvery v systém. Nakoniec, nemožno sa veľmi čudovať, systém totiž skutočne roky nefunguje a nebudí dojem podpory. Trpezlivé vysvetľovanie rozhodne pomáha. A niekedy musí prejsť aj istý čas, prísť prekážky a pády, aby sa ľady mierne pohli.
Druhým dôvodom môže byť konflikt rodičov, nefunkčná či ohrozujúca rodina, ktorej dôsledkom je aj nesúhlas s čímkoľvek, vrátane PO a IVP. Cesta podpory a porozumenia je samozrejme vždy prvoradá a ako jediná prináša trvalé riešenie. Nakoľko v tejto situácii môže byť narúšaný aj najlepší záujem dieťaťa, môže sa výnimočne ako riešenie po neúspešných snahách, aj prosba o mediáciu zo strany sociálnej kurately prípadne až predbežného opatrenia zo strany súdu. Ak totiž hrozí, že nesúhlasom rodiča je vážne poškodzovaný záujem dieťaťa či ostatných detí a učiteľa (dieťa má vážne zdravotné alebo psychické ťažkosti, potrebuje psychologickú alebo psychiatrickú starostlivosť, úpravy obsahu a hodnotenia, lebo zlyháva a pod.), je potrebné niekedy urobiť aj konkrétne kroky v súčinnosti so sociálnou kuratelou.
Každopádne, rodič nemôže konať v rozpore s najlepším záujmom dieťaťa, ktorý ale všetci hľadáme v konsenze. Niekedy aj samo dieťa už vie formulovať, čo potrebuje, niekedy to musia formulovať bezpeční dospelí okolo vo vzájomnej spolupráci a súčinnosti (poradenské zariadenie, ŠPT, triedny učiteľ, lekár). Definitívne o naplnení tohto záujmu rozhoduje súd napr. aj cez predbežné opatrenie, ktoré môže podať škola, poradenské zariadenie alebo aj samotná kuratela.